Wie einige der Trivialnamen bereits andeuten, bleibt Neunstachlige Stichling mit einer Länge von fünf bis sieben Zentimeter recht klein. Sein Körper ist schlank und seitlich zusammengedrückt. Die Augen sind verhältnismäßig groß. Der Unterkiefer des kleinen und leicht oberständigen Mauls springt vor und bildet so die Spitze des Kopfes. Bei älteren Männchen sind die Maulränder wulstig verdickt. Vor der weichstrahligen Rückenflosse befinden sich zwischen acht und elf, meist aber nur neun bis zehn, einklappbare Stacheln. Die Bauchflossen tragen jeweils auch einen kräftigen Stachel. Die Stacheln sind fast immer glattrandig.
Die Oberseite des Neunstachligen Stichlings ist graugrün bis braun, die Seiten heller und silbrig schimmernd. Tiere aus den Seegraswiesen der Ostsee oder Gewässern mit hohem Eisengehalt können einen intensiven Messingglanz zeigen. An den Flanken finden sich häufig unregelmäßig verteilte dunkle Flecken oder Querbinden. Zur Laichzeit nehmen Rumpf, Iris und Flossenstrahlen der männlichen Exemplare ein mattes, mehr oder weniges intensives Schwarz an. Einen auffälligen Kontrast im Brutkleid bilden die dann grellweißen Brustflossenstacheln. Unmittelbar vor dem Ablaichen nimmt auch die Genitalpapille des Männchens diese weiße Färbung an. Hinsichtlich der Farbgebung zur Laichzeit gibt es aber auch abweichende Beobachtungen, beispielsweise grünliche Farbtöne am Bauch und rötliche Töne am Kopf.
Die familientypische Beschilderung der Körperseiten ist populationsabhängig unterschiedlich stark ausgeprägt. Bei der Nominatform ist sie auf einige schwach gekielte Knochenplatten auf dem Schwanzstiel reduziert. Nur eine Unterart ist vollständig beschildert, eine Unterart ist völlig nackt. Der Neunstachlige Stichling verfügt über zehn bis 14 Kiemenreusenzähnchen.
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